Le film retrace les événements qui ont conduit à la prise d'otages, où des militants indépendantistes kanaks ont capturé des gendarmes français et les ont retenus en otage sur l'île d'Ouvéa. L'histoire est racontée du point de vue du capitaine Philippe Legorjus, joué par Mathieu Kassovitz, qui a été envoyé pour négocier la libération des otages. "L'Ordre et la Morale" explore les dilemmes moraux et politiques auxquels sont confrontés les protagonistes. Legorjus se retrouve pris entre les ordres du gouvernement français de rétablir l'ordre par la force et sa volonté de trouver une solution pacifique et de prévenir un bain de sang. Le film examine également les enjeux plus larges de la colonisation, de l'identité et de la lutte pour l'indépendance.